В первые месяцы войны борьба на море носила ограниченный характер и была связана главным образом с обеспечением внутренних морских коммуникаций. Краснознаменный Балтийский, Северный и Черноморский флоты в тот период вели действия в основном совместно с сухопутными войсками по обороне приморских районов, в которые входили военно-морские базы, прибрежные опорные пункты и острова. Они высаживали морские десанты, участвовали в противовоздушной обороне побережий, осуществляли эвакуацию советских войск с оставляемых участков, поддерживали армейские части и соединения огнем морской артиллерии и действиями своей авиации.

На приморских направлениях в составе армий стойко сражались части и соединения морской пехоты.

Перед войной в советском Военно-Морском Флоте имелась лишь одна такая бригада. С началом военных действий возникла необходимость в выделении морской пехоты в самостоятельный род сил ВМФ. В июле – сентябре 1941 г. на Краснознаменном Балтийском флоте было сформировано шесть, Черноморском – три, Северном – одна и на Тихоокеанском – две отдельные бригады. На Каспийской, Дунайской, Пинской и Краснознаменной Амурской флотилиях формировались отдельные батальоны морской пехоты.

В решающие сентябрьские дни обороны Ленинграда бригады морской пехоты надежно удерживали занимаемые рубежи и нередко переходили в контратаки, нанося врагу большой урон. Морские пехотинцы самоотверженно сражались под Одессой. В трудные для Севастополя дни, когда враг прорвался на подступы к городу, моряки Черноморского флота отбили его первые удары и выстояли до подхода Приморской армии.

В ходе оборонительных сражений бригады и подразделения морской пехоты нередко высаживались на побережье, занятое противником.

Когда требовала обстановка, из личного состава флотов формировались также стрелковые части. До конца 1941 г. Краснознаменный Балтийский флот направил на фронт около 80 таких формирований общей численностью свыше 48 тыс. человек. Черноморский флот дал фронту около 20 тыс. человек, которые в составе оборонявшихся войск участвовали в боях за Крым, Севастополь. Северный флот, располагая меньшими возможностями, направил на фронт в 1941 г. 16 различных формирований общей численностью около 10 тыс. человек. Осенью 1941 г. было сформировано 25 морских стрелковых бригад, которые вошли в состав общевойсковых армий. В битве под Москвой сражались с врагом семь таких бригад.

Советский Военно-Морской Флот летом и осенью 1941 г. вел и самостоятельные боевые действия – нарушал вражеские морские коммуникации и защищал свои, нанося удары по базам противника. Эти задачи решали подводные лодки и частично морская авиация и надводные корабли, не занятые в обороне побережья.

В исключительно сложной обстановке пришлось действовать на море Краснознаменному Балтийскому флоту – вначале при нараставшей угрозе его базам с суши, а затем имея в тылу захваченные противником пункты. Наряду с созданием сухопутной обороны военно-морских баз флот оборудовал оборонительный рубеж по линии Ханко, устье Финского залива, Моонзундские острова, Ирбенский пролив, чтобы воспрепятствовать проникновению в Финский и Рижский заливы немецкого флота.

Когда гитлеровское командование, овладев Ригой, организовало снабжение войск группы армий «Север» морским путем, Балтийский флот получил задачу срывать эти перевозки. За август – сентябрь советские подводные лодки совершили 43 выхода на боевые позиции и уничтожили три немецких транспорта и подводную лодку. На поставленных ими минах погибло еще шесть судов, один транспорт получил повреждения.

Невысокая результативность действий подводных лодок объясняется главным образом тем, что конвои противника обычно совершали переходы прибрежными мелководными фарватерами, где подводники не могли их атаковать. Кроме того, после перебазирования флота из Таллина и района Моонзундских островов в Кронштадт и Ленинград выход лодок на немецкие коммуникации в Балтийском море через заминированный Финский залив был затруднен. Поэтому всё реже они прорывались на боевые позиции, всё более сокращалось время их пребывания там.

Интенсивное использование авиации Балтийского флота для решения задач на сухопутном фронте сузило возможности ее боевого применения на морских коммуникациях. Тем не менее она привлекалась для нарушения перевозок противника в Ирбенском проливе, к постановке мин в шхерах на подходах к Турку.

Краснознаменный Балтийский флот выполнял задачи, связанные главным образом с защитой своих прибрежных коммуникаций – от Рижского залива до Кронштадта, где кроме немецких действовали и финские морские силы.

Большую угрозу для советских кораблей представляла авиация противника, а также мины, которые гитлеровцы начали ставить в Финском заливе еще накануне войны.

Черноморский флот вел боевую деятельность также в условиях нараставшей угрозы его военно-морским базам с суши. На защиту их и были направлены его основные усилия.

Для перевозок на Черном море противник использовал преимущественно небольшие суда, совершавшие переходы в мелководной прибрежной полосе. Это ограничивало возможности применения против них подводных лодок.

До августа 1941 г. подводники флота совершили девять походов к вражеским берегам. В августе – ноябре на прибрежных коммуникациях подводные лодки выставили ряд минных заграждений. Всего до конца 1941 г. подводные лодки Черноморского флота провели 103 боевых похода, потопили восемь судов (22 405 брт) и повредили четыре (14 250 брт). В числе уничтоженных судов были два (из пяти) крупных итальянских танкера, доставлявших нефтепродукты из Румынии через пролив Босфор. Из-за этого Италия длительное время испытывала перебои в поставках нефти из Румынии.

Как и на Балтике, действия авиации Черноморского флота на море были ограничены в связи с привлечением ее к решению задач на сухопутном фронте. До декабря 1941 г. на морские коммуникации противника она совершила всего 419 самолето-вылетов. При этом было потоплено четыре судна. Более эффективно военно-воздушные силы флота использовались против военно-морских баз и промышленных объектов Румынии. Несмотря на господство в воздухе вражеской авиации и потерю ряда своих аэродромов, черноморские летчики только за первый месяц войны нанесли 25 бомбардировочных ударов по Констанце, 10 – по Плоешти, 26 – по Сулине, 33 – по Тулче. Неоднократным налетам подвергались военные объекты в Бухаресте, Галаце, Брэиле и других городах. В августе 1941 г. в результате двух налетов на Черноводский железнодорожный мост через Дунай авиация флота разрушила его ферму и повредила нефтепровод. Она активно поддерживала действия Дунайской военной флотилии, которая в июне высадила десанты на полуостров Сату-Ноу и в районе Килии, а позднее прикрывала отход 14-го стрелкового корпуса через Килийское гирло.

В период обороны осажденной с суши Одессы решающее значение для ее защитников приобрели морские коммуникации. Снабжение города осуществлялось транспортными судами Черноморско-Азовского пароходства и боевыми кораблями. Немецко-фашистское командование, понимая, что от этого зависит исход борьбы за Одессу, нацелило свою авиацию на срыв морских перевозок. За время обороны города самолеты противника нанесли свыше 200 ударов, уничтожив в море и базах 9 кораблей и судов. Однако нарушить коммуникации, связывавшие Одессу с Севастополем и другими базами, им не удалось.

После перебазирования кораблей в порты Кавказа условия боевой деятельности Черноморского флота стали еще более сложными. В этот период большое место в ней занимала конвойная служба. Для морских перевозок в осажденный Севастополь осенью 1941 г. использовалось 74 сухогрузных (264 тыс. брт) и 16 нефтеналивных (160 тыс. брт) судов гражданских наркоматов и военного флота. Каждый их переход требовал специального обеспечения. К эскортированию транспортов привлекались крейсеры, эсминцы, тральщики и сторожевые катера.

В первые же дни борьбы за Севастополь немецко-фашистское командование для блокирования базы с моря создало специальную группу бомбардировщиков и торпедоносцев, базировавшихся на приморские аэродромы Крыма.

Наиболее опасным участком пути следования кораблей в Севастополь был заминированный фарватер в районе главной военно-морской базы. Возможность подрыва на минах здесь дополнялась угрозой с воздуха и обстрелом вражеской артиллерии с берега. Особую трудность представляла борьба с новыми, магнитными минами противника.

Всего в ноябре транспортные суда в охранении боевых кораблей совершили 178 рейсов в Севастополь с войсками, вооружением, боеприпасами и продовольствием, было вывезено оттуда более 26 тыс. жителей города и раненых воинов, 25,6 тыс. тонн грузов.

Северный флот в отличие от Краснознаменного Балтийского и Черноморского летом и осенью 1941 г. не потерял ни одной базы. После стабилизации сухопутного фронта на северном его участке основные усилия североморских подводных лодок и надводных кораблей были направлены на защиту своих и нарушение вражеских коммуникаций. Морская авиация по-прежнему выполняла задачи поддержки сухопутных войск.

Морские коммуникации на севере имели исключительное значение для обеих сторон. Из районов Петсамо и Киркенеса в Германию доставлялось стратегическое сырье (никель и железная руда), а из Германии – пополнения и грузы для немецкой армии «Норвегия». Северные внешние морские коммуникации связывали советские порты Мурманск и Архангельск с портами Англии и Соединенных Штатов Америки, а внутренние – с Арктикой.

В начале военных действий на мурманском направлении гитлеровское командование не придавало большого значения обороне своих коммуникаций, но вскоре активность советских подводных лодок заставила его привлекать к сопровождению транспортных судов боевые корабли, а для прикрытия наиболее важных конвоев – и авиацию.

Советские подводные лодки атаковали суда и боевые корабли противника не только в открытом море, но и в его гаванях, применяя торпеды и артиллерию. Они также производили минные постановки. До конца 1941 г. подводники совершили девять прорывов в порты и базы врага, выставили у выходов из них и на коммуникациях 147 мин.

Всего Северный флот во второй половине 1941 г. потопил 42 вражеских судна (128 281 брт), из них 31 (95 371 брт) подводными лодками. Возрастание потерь заставило немецко-фашистское командование в конце года увеличить количество боевых кораблей в Северной Норвегии.

Важнейшую задачу Северного флота летом и осенью 1941 г. составляла оборона своих внутренних и внешних коммуникаций. Когда начались поступления вооружения и грузов из Англии и США, морские перевозки увеличились. В связи с этим расширились и действия североморцев по их обеспечению. Охранение транспортных судов боевыми кораблями приобрело форму конвоирования.